L’église est mentionnée pour la première fois dans un acte daté entre 1066 et 1082. Toutefois, des fouilles menées entre 1986 et 1998 ont démontré que site est occupé depuis le haut Moyen Âge, des sépultures de la seconde moitié du VIIIe siècle ayant été mis au jour lors des fouilles. Ces derniers ont permis également de dégager les vestiges d’une première église datable de la seconde moitié du Xe siècle ; l’église a donc été fondée à l’époque où la ville de Caen commence à se constituer dans la vallée de l’Orne. L’église est construite à l’écart du tissu urbain sur le plateau surplombant la vallée.
Dans le texte de la seconde partie du XIe siècle, Guillaume le Conquérant et Mathilde de Flandres fondent l’abbaye aux Dames à proximité de l’église. Le duc affecte alors l’église à l’accueil des sépultures des pauvres. La paroisse, l’une des plus petites de la ville, est intégrée au Bourg-l’Abbesse. Elle faisait partie du doyenné de Caen, dans le diocèse de Bayeux. Du XIIIe au XVIIIe siècles, le site abrite une fonderie de cloches.
Dans les années 1780, le cimetière Saint-Gilles est jugé trop exigu, mais ce n’est qu’en 1830 qu’un terrain jouxtant le cimetière Saint-Pierre est acheté. Le nouveau cimetière Saint-Gilles est bénit en 1831.
Bien que l’édifice soit classé au titre des monuments historiques en 1862, le chœur du XVe siècle est détruit l’année suivante afin de faciliter la circulation au débouché de la rue des Chanoines. En 1864, elle perd son statut d’église paroissiale au profit de l’ancienne abbatiale de la Trinité.
Pendant la bataille de Caen, l’église est presque totalement détruite pendant les bombardements aériens. Pendant la reconstruction, les vestiges sont sécurisés et le site est aménagé en jardin public.
The church is mentioned for the first time in an act dated between 1066 and 1082. However, excavations conducted between 1986 and 1998 have shown that the site has been occupied since the early Middle Ages, with burials from the second half of the 8th century being unearthed during the excavations. The latter also made it possible to uncover the remains of a first church dating from the second half of the 10th century; the church was therefore founded at the time when the city of Caen began to form in the Orne Valley. The church is built away from the urban fabric on the plateau overlooking the valley. In the text of the second part of the 11th century, William the Conqueror and Mathilde of Flanders founded the abbey to the ladies near the church. The duke then assigns the church to the reception of the graves of the poor. The parish, one of the smallest in the city, is integrated into the Bourg-l’Abbesse. She was part of the dean of Caen, in the diocese of Bayeux. From the 13th to the 18th centuries, the site houses a bell foundry. In the 1780s, the Saint-Gilles cemetery was considered too cramped, but it was not until 1830 that land adjoining St. Peter’s Cemetery was purchased. The new Saint-Gilles cemetery was blessed in 1831. Although the building was classified as a historical monument in 1862, the 15th century choir was destroyed the following year to facilitate traffic at the Rue des Chanoines outlet. In 1864, it lost its status as a parish church to the former abbey of the Trinity. During the Battle of Caen, the church was almost completely destroyed during the aerial bombardment. During the reconstruction, the remains are secured and the site is converted into a public garden.