En 1689, Jean-Baptiste Callard de la Ducquerie, professeur à la faculté de médecine, rassemble quelques plantes dans son jardin. Un édit royal datant de 1701 encourage le développement de tels jardins, mais la faculté de médecine ne s’en préoccupe guère. En 1718, le professeur François Marescot réunit environ 600 plantes dans un terrain qu’il loue à proximité de la porte Saint-Julien. En 1722, il entreprend d’établir de façon définitive un jardin botanique attaché à l’université de Caen. En 1726, le jardin est transféré dans un terrain appartenant au curé de l’église Saint-Julien de Caen. Mais il ne s’agit encore que d’une solution transitoire. L’État et la ville proposent leur aide. L’attribution d’une pension par le collège de Barbery offre finalement les moyens nécessaires.
L’Université achète en 1736 le jardin Bénard, terrain jouxtant le jardin de Notre-Dame-des-Champs. En 1739, les quelque 3 500 plantes sont transférées dans le jardin. L’université se montre incapable de supporter la charge financière résultant de l’entretien du jardin. La situation s’aggrave quand elle perd le bénéfice de la pension Barbery.M. de Livet accepte en 1777 d’utiliser sa fortune pour entretenir le jardin et pour procéder au classement des plantes selon l’ordre établi par Antoine-Laurent de Jussieu. Les travaux commencent dans l’ancien jardin Bénard en 1779 pour se terminer en 1781.
En 1789, le jardin passe sous l’autorité de l’administration centrale, puis sous celle du Préfet.
Dans les années 1820, l’intérêt pour les sciences naturelles grandit mais l’entretien du jardin des plantes de la ville laisse à désirer. Les bâtiments sont en mauvais état et le sol très fatigué. En 1829, la municipalité achète plusieurs propriétés voisines du jardin des plantes qui s’agrandit donc de 3,5 ha. Une partie des terrains est utilisée comme carrière d’où est extraite la pierre nécessaire à la construction du mur de clôture. Des travaux de terrassement sont également entrepris afin de construire l’école de botanique. En 1834–1835, une orangerie est construite. En 1880, un groupe de sept serres en fer pouvant contenir des plantes exotiques est érigé.
En 1905, la rue du Vingtième-Siècle, ouverte en 1901 vers la gare Saint-Martin, est prolongée jusqu’à la rue Desmoueux ; une nouvelle entrée au jardin est alors créée. Le jardin des plantes prend à cette époque ses dimensions actuelles.
Le squelette d’une baleine, échouée en 1885 à Langrune-sur-Mer, est exposée sous un préau de 1928 (date de son déménagement de l’église du Vieux Saint-Sauveur de Caen) à 1937 (date de son transfert à Luc-sur-Mer).
Les bombardements de 1944 n’épargnent pas le jardin : les deux jardins d’hiver et l’orangerie avec toutes les espèces rares qu’ils contiennent sont détruits.
In 1689, Jean-Baptiste Callard de la Ducquerie, a professor at the Faculty of Medicine, gathered some plants in his garden. A royal edict dated 1701 encouraged the development of such gardens, but the Faculty of Medicine did not care. In 1718, Professor François Marescot gathered about 600 plants in a plot of land he rented near the Saint-Julien Gate. In 1722 he undertook to establish a permanent botanical garden attached to the University of Caen. In 1726, the garden was transferred to land belonging to the parish priest of St. Julian of Caen. But it is still only a transitional solution. The state and the city offer their help. The allocation of a pension by Barbery College finally provides the necessary means. In 1736, the University purchased the Bénard garden, which adjoined the garden of Notre-Dame-des-Champs. In 1739, some 3,500 plants were transferred to the garden. The university is unable to bear the financial burden of maintaining the garden. The situation worsens when she loses the benefit of the Barbery.M pension. de Livet agreed in 1777 to use his fortune to maintain the garden and to classify the plants according to the order established by Antoine-Laurent de Jussieu. Work began in the old Bénard garden in 1779 and was completed in 1781. In 1789, the garden came under the authority of the central administration, then that of the Prefect. In the 1820s, interest in the natural sciences grew, but the maintenance of the city’s plant garden left something to be desired. The buildings are in poor condition and the ground very tired. In 1829, the municipality bought several properties adjacent to the plant garden, which grew by 3.5 hectares. Part of the land is used as a quarry from which the stone needed for the construction of the fence wall is extracted. Earthworks are also being undertaken to build the botanical school. In 1834-1835, an orangery was built. In 1880, a group of seven iron greenhouses that could hold exotic plants was erected. In 1905, the Rue du Vingtième-Siècle, opened in 1901 towards St. Martin’s Station, was extended to Rue Desmoueux; a new entrance to the garden is then created. At this time, the plant garden took on its current dimensions. The skeleton of a whale, stranded in 1885 in Langrune-sur-Mer, is on display under a meadow from 1928 (the date of its move from the Church of the Old Saint-Sauveur de Caen) to 1937 (the date of its transfer to Luc-sur-Mer). The bombings of 1944 did not spare the garden: the two winter gardens and the orangery with all the rare species they contain were destroyed.